Després del tancament del Cinema Modern i de l’adquisició de l’edifici per part de l’Ajuntament, el Col·lectiu de Crítics de cinema de Girona presenta la seva candidatura i guanya el concurs per a la gestió del nou Cinema Truffaut. L’any 2001, passa a formar part de la xarxa més important del cinema europeu, Europa Cinemas. També esdevé seu oficial de la FilmoTeca de Catalunya a Girona. L’any 2015, juntament amb altres cinemes d’arreu de l’Estat espanyol, crea i forma part de la xarxa CineArte.

Des de llavors, el Cinema Truffaut s'ha convertit en espai de referència per a l'estrena i la visibilització de pel·lícules amb marcat caràcter autoral, independents i amb especial atenció a propostes europees. L'aposta per la versió original l'ha convertit en l'únic cinema de Catalunya, fora de la província de Barcelona, que projecta tots els seus films amb subtítols, respectant la llengua pròpia de cada obra.