L'origen del Museu del Cinema es troba en l'adquisició, el 28 de gener de 1994, de la Col·lecció Tomàs Mallol d'objectes cinematogràfics i precinematogràfics per part de l'Ajuntament de Girona. El Museu del Cinema fou inaugurat a Girona al cap de quatre anys, el 8 d'abril de 1998, i va ser el primer de la seva especialitat a l'Estat espanyol, comparable pel que fa a la qualitat de la col·lecció i del projecte expositiu amb els principals museus de cinema d'Europa.

Ubicat a l'antiga casa de les Aigües, el Museu del Cinema té per objectiu la conservació, recerca, interpretació i exposició permanent de la Col·lecció Tomàs Mallol i d'altres col·leccions o objectes que es puguin adquirir, així com també esdevenir un centre de dinamització del món del cinema i dels espectacles visuals, sobre la base d'una programació continuada d'activitats i serveis, adreçats a un públic potencial molt ampli, que en garanteixi el reconeixement local, nacional i internacional.