Una part molt important de la superfície del municipi està inclosa en espais protegits per la fauna i flora que contenen.
D'una banda, al sector est del municipi, el massís de les Gavarres forma part del PEIN de les Gavarres i de la Xarxa Natura 2000. D'altra banda, les ribes del Ter al seu pas per Girona constitueixen una reserva important de fauna salvatge, i formen part de la Xarxa Natura 2000 i de la reserva de fauna salvatge de l'Illa del Ter.
